Schon im folgenden Jahr ersuchte man Orgelmacher J.J. Fesenbeckh aus Tübingen, einen „Abriß und Überschlag“ für eine neue Orgel einzureichen. Der Orgelbauer Fesenbeckh äußerte sich am 10. November 1672 so: „Nachdem mir ein Orgelwerklin in die Kirch zu machen verdingt worden, hab ich solches dergestalten verfertigt, zu Stande gerichtet und allda aufgesetzt, daß es sich sehr wohl sehen und hören lassen, auch die Prob solchermaßen halten wird. Weil dieß aber zu gering mit 155 Gulden oder 100 Reichsthaler angesetzt bey dießer teuren Zeit, ich mit Weib und Kindern darüber in ziemlichen Nachtheil gekommen bin, bitte ich um Frucht, Wein und Holz.“
Fesenbeckhs Orgel wurde erst 1688, als sie „ganz dunkel und häßlich aussieht und der Kirch wenig ansehen gibt und gegen andere Closterkirchen ein wenig hüpsches zusehen“ hat, durch den Tübinger Maler Johann Georg Dramburg (Dromburger) „illuminiert“. Sie hatte über dem Klavier zwei Flügel (ähnlich Altarflügeln), welche die Verkündigung Mariens, die Hirten auf dem Felde, die Geburt Christi und die Hl. Drei Könige zeigten und auf zwei unteren Tafeln musizierende Engel. Die Gitter vor und neben der Orgel waren grün gestrichen, die Leisten vergoldet.
Um 1777 fand der Gottesdienst – wie in Maulbronn – je nach Jahreszeit in zwei verschiedenen Räumen statt: In der „Sommerkirche“, der alten Klosterkirche, und in der „Winterkirche“, dem Speisesaal (heute Blauer Saal) im Erdgeschoß des Herrenhauses.
Über den Hersteller und das Baujahr der Orgel in dieser Winterkirche, die sechs Register hatte, ist nichts bekannt. Im Jahr 1778 litt sie unter einem Wolkenbruch schweren Schaden und 1779 ist zu lesen: „Die Orgel ist sehr alt, aber von einem überaus guten Meister verfertigt. Sie hatte anfänglich nur ein Stech-Clavir, hernach aber ist sie vermutlich zweymal abgeändert worden, sodaß der Organist ein Kästlein, worinnen das Clavir liegt, vor sich, den Orgelkasten auf dem Rücken und die Pfeifen samt der Windlade über sich hat.“ Um 1800 ist „das Orgelchen“ nach Dettenhausen verkauft worden.
Der Bebenhäuser Schultheiß Imhof (wohnhaft im heutigen Haus Huber) stiftete dann 1846 eine Orgel in die Winterkirche, „in der mehrere Jahre der Gesang ohne Orgel in der kleinen Gemeinde nicht übel geht“.
1869 wurde der Winterkirchen-Saal „in einen Speisesaal für das nun Jagdschloß gewordene Kloster umgewandelt und dabei die fast wertlose Orgel von 1846 entfernt“. Der Gottesdienst wurde dann von 1869 bis 1885 in das Schullokal im Westflügel (über dem Winterrefektorium) verlegt, „wozu S.M. König Karl ein Harmonium stiftete“.
In der heutigen „Winterkirche“, dem Gemeindesaal im Rathaus, steht ein Positiv der Firma Hofbaur. Es wurde vor nahezu 20 Jahren von Erika Pfeiffer, unserer blinden Organistin, bei der Göttinger Firma selbst ausgesucht.
Doch nun zurück zur Kloster- oder Sommerkirche:
Die von Fesenbeckh 1672 errichtete Orgel wurde 1776 durch den Bebenhäuser Speisemeister Memminger, „der dieser Arbeit genugsam kundig“, repariert und gereinigt.; weitere Ausbesserungen und Säuberungen erfolgten 1786 und 1794.
Im Kaufbrief für die Bebenhäuser Gemeinde von 1823 wurde unter § 4 „Kult- und Schul-Kosten“ festgelegt, daß diese Orgel in den Besitz der neugegründeten bürgerlichen Gemeinde übergeht.
Nach einem Pfarrbericht von 1828 „steht die schöne, sehr alte Orgel im Chor hinter dem Altar, ein mittelmäßiges Werk mit sechs Registern und zwei Blasbälgen zum Treten“. Das Organisten- und Vorsängeramt ist mit dem Schulmeisteramt verbunden, für jeden kirchlichen Akt ist ein Maß Wein zu geben, jährlich zusammen sieben bis acht Imi Wein. Der Orgeltreter erhielt damals jährlich vier Gulden.